Главными задачами СКИУ им. Имама Абу Ханифы является удовлетворение потребностей личности в духовном, интеллектуальном, культурном и нравственном развитии через высшее религиозное образование, которое можно получить, не выезжая за пределы республики. Особое внимание в образовательной и воспитательной деятельности СКИУ уделяется формированию у студентов гражданской позиции, способности к труду и жизни в условиях современной цивилизации. Выпускник исламского университета должен стать активным членом общества, быть способным реализовать интересы мусульманской общины, уметь вести диалог с представителями органов государственной власти, общественных организаций, разных конфессий.